Gobierno de Suazo Córdova

Roberto Suazo Córdova, un médico rural de La Paz, era un veterano de la lucha política interna de Honduras, pero no tenía el tipo de experiencia que lo podría haber preparado para desempeñar un papel destacado a nivel internacional. En su discurso inaugural, Suazo Cordova se enfocó en la necesidad de la libre determinación y el deseo de su administración de permanecer neutral frente a la crisis regional que afectaba a Centroamérica.

Sin embargo, poco a poco, Suazo Córdova comenzó a percibir al gobierno Sandinista de Nicaragua como una fuerza subversiva que pretendia socavar la estabilidad política en Honduras a través de la propaganda, intimidación y ayuda directa a grupos subersivos en Honduras. Tanto la administración de Suazo como las Fuerzas Armadas de Honduras coincidieron en este punto. Esto llevó a la expansión del papel de Estados Unidos en Honduras, tanto como asesor político y como proveedor de ayuda militar y económica.

El Brigadier General Gustavo Álvarez Martínez, quien asumió el cargo de comandante de las fuerzas armadas en enero de 1982 surgió como un político de línea dura en contra de los Sandinistas. Álvarez declaró públicamente que Honduras estaba "en una guerra a muerte" con Nicaragua, pero creía que la guerra debe llevarse a cabo bajo los auspicios de una triple alianza entre Guatemala, El Salvador y Honduras.

De acuerdo a varios observadores, Álvarez tenía otro aspecto en su estrategia anticomunista; vigilancia doméstica, ejecuciones. Según el coronel Leónidas Torres Arias, ex jefe de la inteligencia militar, quien había asumido un puesto de agregado en Buenos Aires, manifesto a los medios de comunicación, que el general Álvarez contaba con un escuadrón de la muerte. El Comité Hondureño para la Defensa de los Derechos Humanos pareció confirmar los cargos hechos por Torres hasta cierto punto, al dar a conocer el aumento del número de desaparecidos políticos en todo el país. La politica de mano dura de Álvarez fue fuertemente criticada por la prensa internacional y grupos internacionales de derechos humanos.

A pesar de estas situaciones, la actividad subversiva en Honduras se expandió en la década de 1980. Gran parte de este incremento se le atribuye directa o indirectamente a la ayuda Sandinista a agrupaciones como el Partido Comunista de Honduras. La percepción de una verdadera amenaza izquierdista revolucionaria en Honduras elevó el perfil de Álvarez tanto en Honduras como en los Estados Unidos.

Algunos observadores vieron en Álvarez una continuación de la larga serie de caudillos militares que habían gobernado el país desde su independencia. Otros observadores veían al gobierno de Honduras como un triunvirato. Por un lado el General Álvarez se encargaba de la política de la seguridad nacional. Por otro lado, el presidente Suazo toleraba las decisiones de Álvarez Martinez a cambio de que este lo apoyase militarmente sus políticas internas. Mientras que los Estados Unidos apoyaba al país económica y militarmente a cambio del uso del territorio hondureño para la formacion y entrenamiento de los contrarrevolucionarios nicaragüenses conocidos como los "Contras". En 1980 la ayuda norteamericana a Honduras fue de US$3.3 millones de dólares. Para 1982 la ayuda aumentó a US$31.3 millones.  A comienzo de 1984, Álvarez fue destituido de su cargo al permitir el entrenamiento de tropas salvadoreñas en Puerto Castilla por las fuerzas especiales de EE UU. Otro factor importante en la destitución de Álvarez, fue el intento del general de reestructurar mando de las fuerzas armadas. Además, los oficiales mas conservadores de la cúpula militar, pensaron que Álvarez llevaria al país a una guerra abierta contraNicaragua.

El general, Walter lopez Reyes tomó el mando de las Fuerzas Armadas. Esto produjo una serie de repercusiones tanto en la política interna de Honduras y las relaciones con EE UU. López Reyes, exigió nuevos aumentos en la ayuda militar a cambio de la cooperación de Honduras en los asuntos regionales. Asimismo redujo los ejercicios militares entre entre Honduras y los Estados Unidos.

El 21 de mayo de 1985, el presidente Suazo Córdova y el presidente estadounidense Ronald W. Reagan firmaron un acuerdo para modificar el tratado de Asistencia Militar de 1954. El nuevo acuerdo permitió a los Estados Unidos ampliar y mejorar las instalaciones de la base aérea de Palmerola cerca de Comayagua.